Ústav komplexních systémů Fakulty rybářství a ochrany vod Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích (ÚKS) vznikl v roce 2011 po rozdělení Ústavu fyzikální biologie Jihočeské univerzity. Nově vzniklý ústav se stal součástí nové Fakulty rybářství a ochrany vod, kdy se podílel na realizaci výzkumného centra OP VaVpI s názvem CENAKVA. ÚKS se zabývá studiem komplexních systémů, tj. těch, jejichž vlastnosti nelze předpovědět ze znalosti jejich prvků. Typickými komplexními systémy jsou společenství, například rybí hejna nebo lidské skupiny, samotné živé organismy, živé buňky nebo chemické samoorganizované struktury a materiály.

Ústav se skládá ze dvou laboratoří, Laboratoře experimentálních komplexních systémů a Laboratoře analýzy signálu a obrazu.

Výzkum v oblasti optoelektroniky se zaměřuje na vývoj metod analýzy chování zachycené obrazem digitální kamery a na mikroskopii velmi vysokého rozlišení pro aplikace v buněčné biologii a analýzy nanostrukturovaných materiálů. Oběma problematikám je společné vyřešení inverzní úlohy, tj. nalezení vztahu mezi digitálním obrazem a původním tvarem objektu. K tomu se využívá kombinace mechanických měření a počítačového zpracování primárního signálu z digitální kamery. Pro mechanická měření v mikrosvětě se používá mikroskopie atomové síly.

ÚKS spolupracuje s akademickými institucemi i komerčními firmami z oblastí optomechaniky, vývoje digitálních kamer, biologie a medicíny i bezpečnostních aplikací.